В рамках проекта МЦД планируется запустить пять сквозных маршрутов. Движение по первым двум маршрутам МЦД было запущено 21 ноября 2019 года. Общая протяженность МЦД-1 «Белорусско-Савеловский» составляет 52 км, а протяженность МЦД-2 «Курско-Рижский» - 80 км. Всего на двух диаметрах расположено 60 станций, с 20 из которых можно сделать пересадку на метро, Московское центральное кольцо и радиальные направления железной дороги. В будущем количество станций будет увеличено до 66, а число пересадок - до 27. До 2025 года планируется запустить МЦД-3 «Ленинградско-Казанский», МЦД-4 «Киевско-Горьковский» и МЦД-5 «Ярославско-Павелецкий». Все три сейчас находятся на этапе проектирования, в ходе этой работы маршруты и их характеристики могут быть изменены.

Разовая поездка на МЦД по Москве в пределах «Центральной» зоны (в пределах станций Марк - Сетунь, Волоколамская – Остафьево) по билету «Кошелек» обойдется в 42 рубля. В зоне «Пригород» (за пределами станций Марк – Сетунь, Волоколамская – Остафьево и до конечных станций МЦД Одинцово – Лобня, Нахабино – Подольск) разовая поездка стоит 50 рублей. За границами МЦД начинается «Дальняя» зона. Если пассажир едет со станций, находящихся за границами МЦД, то стоимость поездки складывается из двух составляющих: действующий билет на электричку (26 рублей за каждую зону до границ МЦД) и 50 рублей. Пересадка на пересадочные станции метро и Московского центрального кольца бесплатна для пассажиров МЦД всех зон, при оплате поездки билетом «Кошелек» карты «Тройка». Для получения бесплатной пересадки необходимо валидировать транспортную карту как на входе, так и на выходе с диаметров. При желании оплатить проезд на МЦД можно действующими билетами пригородных электричек, однако при их использовании пересадка на метро и МЦК не будет бесплатной.

При проезде на МЦД необходимо валидироваться и на вход, и на выход со станций МЦД. Валидация – обязательное условие для оплаты проезда на МЦД и получения бесплатной пересадки на метро и Московское центральное кольцо. При отсутствии на станции турникетов, необходимо пользоваться валидаторами, которые обычно установлены на платформах. На одной станции нужно валидироваться либо на турникете, либо на валидаторе. Прикладывать карту и на турникете и на валидаторе на одной станции – не нужно, иначе поездка откроется и тут же закроется, из-за чего пассажир не сможет выйти через турникет на станции прибытия.

50% перевозок на МЦД выполняются новыми поездами «Иволга» в смешанном режиме с обычными электричками. Такой режим необходим для соблюдения тактового движения поездов с минимальными интервалами в часы пик. Пассажирам не надо ждать поезда «Иволга», можно садиться на любой поезд МЦД, курсирующий по маршруту первого или второго диаметра. Любой электропоезд, попадающий в зону Московских центральных диаметров, становится поездом МЦД, кроме экспрессов, в которых работает контроль. Также, на МЦД-1 на маршруте «Одинцово – Окружная» курсируют в режиме МЦД поезда «Аэроэкспресс». Чтобы уехать в аэропорт Шереметьево, необходимо купить билет аэроэкспресса в кассах «Аэроэкспресс» и ЦППК, а также через приложение и сайт «Аэроэкспресс», либо приложив карту «Тройка» на выходе со станции в аэропорту Шереметьево.