В рамках проекта МЦД планируется запустить пять сквозных маршрутов. Движение по первым двум маршрутам МЦД было запущено 21 ноября 2019 года. Всего на двух диаметрах расположены 62 станции, с некоторых из них можно сделать пересадку на метро, Московское центральное кольцо, другие диаметры. 17 августа 2023 года был запущен новый маршрут наземного метро – МЦД-3 «Ленинградско-Казанский», а 9 сентября 2023 года – МЦД-4 «Калужско-Нижегородский». С запуском третьего и четвертого диаметра количество станций наземного метро возросло до 136.

Разовая поездка на МЦД по Москве в пределах «Центральной» зоны (в пределах станций Марк – Сетунь, Волоколамская – Остафьево, Ховрино – Ухтомская, Внуково – Реутов) по билету «Кошелек» обойдется в 54 рубля. В зоне «Пригород» (за пределами станций «Центральной» зоны и до конечных станций МЦД Одинцово – Лобня, Нахабино – Подольск, Зеленоград-Крюково – Ипподром, Апрелевка – Железнодорожная) разовая поездка по билету «Кошелек» стоит 71 рубль. За границами МЦД начинается «Дальняя зона»: если пассажир едет за пределы станций диаметра стоимость поездки складывается из двух составляющих – действующий билет на электричку (33 рубля за каждую зону до границ МЦД) и 71 рубль за проезд в зоне «Пригород». Пересадка на пересадочные станции метро и Московского центрального кольца бесплатна для пассажиров МЦД всех зон при оплате проезда билетом «Кошелек» карты «Тройка». Для получения бесплатной пересадки нужно валидировать транспортную карту как на входе, так и на выходе с диаметров. При желании оплатить проезд на МЦД можно действующими билетами пригородных электричек, однако при их использовании пересадка на метро и МЦК не будет бесплатной.

При проезде на МЦД необходимо валидироваться и на вход, и на выход со станций МЦД. Валидация – обязательное условие для оплаты проезда на МЦД и получения бесплатной пересадки на метро и Московское центральное кольцо. При отсутствии на станции турникетов, необходимо пользоваться валидаторами, которые обычно установлены на платформах. На одной станции нужно валидироваться либо на турникете, либо на валидаторе. Прикладывать карту и на турникете и на валидаторе на одной станции не нужно, иначе поездка откроется и тут же закроется, из-за чего пассажир не сможет выйти через турникет на станции прибытия.

Подвижной состав на первых двух диаметрах обновлен на 100%. Здесь ходят поезда «Иволга», ЭП2Д, «Аэроэкспресс». На маршруте «Одинцово – Окружная» в режиме МЦД курсируют поезда «Аэроэкспресс». Чтобы добраться до аэропорта Шереметьево, нужно купить билет аэроэкспресса в кассах «Аэроэкспресс» и ЦППК, а также через приложение и сайт «Аэроэкспресс», либо приложив «Тройку» на выходе со станции в аэропорту Шереметьево.
На третьем диаметре курсируют, в том числе, современные «Иволги 3.0», ЭП2Д. Полностью парк поездов на МЦД-3 планируется обновить до конца 2024 года. На четвертом диаметре пассажиров перевозят, в том числе, современные поезда ЭП2ДМ. Полностью парк поездов на четвертом диаметре планируется обновить до конца 2025 года.